Второй сезон американского комедийного телевизионного сериала «Клиника» начался на канале NBC 26 сентября 2002 года и завершился 17 апреля 2003 года, включая 22 эпизода. Начиная с второго сезона, Нил Флинн стал постоянным актером сериала, а Колин Хей впервые сыграл гостевую роль. Впервые за весь сериал один из эпизодов предоставляет возможность другому актеру рассказать свою историю. В начале сезона используется более продолжительная заставка, где камера движется по палатам, а не только мимо двух кроватей, включая сцену с Флинном в роли Янитора, и завершается кадром с рентгеном, показывающим сердце слева в грудной клетке.
Однако, начиная с третьего эпизода, заставка вернулась к своей оригинальной версии. Во втором сезоне акцент делается на второй год практики доктора Джона Дориана в больнице Святого Сердца, где он становится резидентом. В первом эпизоде все еще в шоке от секретов, которые только что раскрыла Джордан. На протяжении сезона старший брат Джей Ди, Дэн, приходит в гости; возникают финансовые проблемы у Джей-Ди, Эллиот и Турка; Турк делает предложение Карле; а Эллиот начинает встречаться с новым парнем — медбратом по имени Пол Флауэрс. Доктор Кокс возобновляет интимные отношения со своей экс-женой Джордан, что приводит к совершенно неожиданным результатам.